Continuing Dissection of the Infamous Study 329

On the 1BoringOldMan blog, semi-anonymous blogger Mickey has been dissecting in detail the infamous Study 329 that GlaxoSmithKline used to promote Paxil (Seroxat, paroxetine) as safe and effective for children and adolescents, when the study data, rigorously analyzed, showed that was not the case.  Study 329 was an important part of the US Department of Justice case against GSK that resulted in a record $3 billion settlement (see this post). 

The posts so far are:
A Pretty Rotten Era  
A Movement
To Make Distortion Possible
The Lesson of Study 329: the Basics
The Lesson of Study 329: Efficacy Drifts to Trends and 2s
The Lesson of Study 329: Conventions and Protocols
The Lesson of Study 329: Uh-oh
The Lesson of Study 329: Data Transparency
The Lesson of Study 329: the Authors

This does not seem to be the end of the series, but the last post yesterday did have a striking conclusion:

But, for the moment, I am stuck on the piece that is, to me, the most fundamental lesson from this story, and unfortunately many similar stories in the industry-funded clinical trial literature that fills our journals. The authors of this study did not function as physicians, clinicians, scientists, or even authors. Some were there because of their previous credentials. Others were there to build up future credentials. But they weren’t there to do what they presented themselves as doing. Researchers are practicing medicine too. I might be seen as naive to see this as the center of this story. If that’s the case, I’ll go to my grave being naive. Medicine has been my life, and this isn’t Medicine.

There’s no place or tradition for physicians, particular physicians in high places, taking part in this kind of bullshit – particularly all the while claiming otherwise. The fact that it has been a widespread practice isn’t an excuse. That’s also an even stronger indictment. There are many principled neuroscientists working in this difficult area of medical science who’ve been tarnished by this kind of pseudoscience. There are many psychiatrists and other practitioners who’ve actually trusted these deceitful articles. And there are untold numbers of patients who’ve been medicated un-necessarily or even directly harmed by this and other capricious advise coming out of these studies – this one in particular. Rather than functioning as the advisers of ill people, these were physicians who actively participated in capitalizing on patients’ illness.

However, despite the seriousness of these concerns, and their corroboration in the Justice Department document that pushed GSK to settle for so much money, my alma mater, Brown University, where Dr Martin Keller, the lead author of Study 329, was Chair of Psychiatry, has consistently refused to revisit the study, and consistently failed to publicly refute the accusations against Dr Keller, nor to accept them and take appropriate action.  The University supposedly conducted an internal investigation of the matter, but has not seen fit to make it public.  When asked again about this, Brown's new President, Christina Paxson, referred the inquiry to the public relations people:

'The recent announcement by the U.S. Department of Justice did not suggest that any further reviews of the paper by the university are immediately warranted,' Darlene Trew Crist said in a written response. 'We have no further statement to make at this time.'

Given the seriousness of the allegations, and the University's mission:

The mission of Brown University is to serve the community, the nation, and the world by discovering, communicating, and preserving knowledge and understanding in a spirit of free inquiry, and by educating and preparing students to discharge the offices of life with usefulness and reputation.

the logic of the administration's refusal to have a public discussion of this case escapes me. As I have said before (in 2008!), the appearance of continued stonewalling, now going on for years, can easily be interpreted to imply that the institution has something really big and bad to hide.

Also see comments by Alison Bass on the Alison Bass blog, and by Dr Howard Brody on the Hooked: Ethics, Medicine and Pharma blog.

ADDENDUM (4 September, 2012) - There have been two additional posts on the 1BoringOldMan blog on Study 329:
the lesson of Study 329: the hurdles…
the lesson of Study 329: naked Emperors, fractious Queens…

ADDENDUM (4 September, 2012) - See also this post on the Alison Bass blog.

ADDENDUM (5 September, 2012) - See this post on the retirement of Dr Keller by Ed Silverman on PharmaLot.

ADDENDUM (10 September, 201) - See the final two posts in the 1BoringOldMan series:
the lesson of Study 329: “we’re only as sick as our secrets”…
the final lesson of Study 329: epilogue…

His conclusion in the next to last post of the series:

Something terrible happened in psychiatry, an alliance between the pharmaceutical industry and a number of our leaders who allowed their academic credentials to be used for commercial purposes. It happened on a large scale, and in the process shamed all of us, whether we were involved or not. Many of the people we looked to to guide us fell into the role of key opinion leaders – a marketing term that meant that they could influence what we did and how we practiced. And in that new role, medical degrees, academic positions, the methods of science, and psychiatric experience became little more than marketing tools in a commercial campaign. Such was the case with Study 329 – an article that has become exemplary because it is now so painfully well known – a symbol for the failings of an era. It needs to be retracted simply because it was wrong on purpose – and we all know it. And yet no involved person, institution, or organization highlighted in that last paragraph has swallowed their pride, or guilt, or denial, or arrogance and called for retraction.

[Italics and bold typeface added for emphasis]

Is the Meaningful Use Stage 2 Final Rule invalid?

Here are a few reasonable questions I decided to elevate as a post of its own.

In the face of the discovery of industry influence over comments submitted to ONC regarding Meaningful Use Stage 2, as I documented at my post earlier today "Health IT Vendor EPIC Caught Red-Handed: Ghostwriting And Using Customers as Stealth Lobbyists - Did ONC Ignore This?" (ghost writing, in effect, by those with obvious conflicts of interest):

•  Is the MU Stage 2 Final Rule invalid due to the influence the industry had on the submitted "public" comments and opinions, supposedly by and of the submitters, which are now demonstrably tainted?
•  Should an investigation be opened?

After all, as I pointed out on Aug. 29 in "The Scientific Justification for Meaningul Use, Stage 2: The NWB Methodology", not only is MU2 based on an admitted "nevertheless, we believe" justification (that is, lack of scientific rigor), but now it appears the legislation is based on stealth lobbying and resultant regulatory capture, ONC in essence doing the seller's bidding.

Tens of billions of taxpayer dollars are at issue here.

-- SS

boladunia: Eden hazard Chelsea 2012

Bola Dunia :walpaper walpaper-new collection around the world of football. Our latest wallpapers for Eden Hazard, belgium football international player who now plays for the European champions Chelsea Fc.

Here are some of the latest in the category Wallpapers Chelsea Eden Hazard 2012; colleagues can all be downloaded to be made in the computer walpaper collection counterparts.

safely enjoy

eden hazard walpaper

eden hazard walpaper

eden hazard walpaper

eden hazard walpaper

eden hazard walpaper

eden hazard walpaper

Health IT Vendor EPIC Caught Red-Handed: Ghostwriting And Using Customers as Stealth Lobbyists - Did ONC Ignore This?

Note: Also see the followup Sept. 5, 2012 post "Was EPIC successful in watering down the Meaningful Use Stage 2 Final Rule?" at http://hcrenewal.blogspot.com/2012/09/from-what-i-can-tell-epic-was.html.

-----------------------

From the Histalk blog in the 8/31/12 news at this link:

Epic not only submitted MU Stage 2 comments to ONC, it even helpfully distributed them to their customers so they could submit the same comments under their own names. David Clunie noticed this and lists the hospitals who sent in the boilerplate, including University of Miami, which submitted the same comments five times without noticing the “Remove Before Submitting” headline that prefaced Epic’s explanation of why its customers should share its opinions with Uncle Sam.

From the primary source linked in the Histalk note:

Epic via University of Michigan Health System Meaningful Use Workgroup also the same Epic comments from University of Miami (who liked them so much they submitted it twice and then a third time and then a fourth and fifth time) and again from the Martin Health System and Metro Health Hospital and The Methodist Hospitals and Fairview Health Services and Sutter Health and Parkview Health System and the Everett Clinic and Dayton Childrens' and UMDNJ and NYU Langone Medical Center and Hawaii Pacific Health and finally as submitted by Epic themselves - others like the Community Health Network just stated they had read and agreed with Epic's comments - Imaging - concur that DICOM is not needed for that objective and PACS images do not need to be duplicated - concerned about single sign on if two systems - View, Download and Transmit to 3rd Party - images are not in the EHR but the PACS - patients would need DICOM viewers - size of the images is a problem - disks are better (also if you look at some copies of this, there are some pretty funny "remove before submitting to ONC" notes that say things like which versions support what and how much it would cost to retrofit, etc.; how embarrassing, both for Epic and their lackeys at these institutions)

I certainly admire David Clunie's endurance at being able to slog through all of that and appreciate his shedding some sunlight on the "remove before submitting" notes, but - I don't think it's funny at all.

Among other things, it represents taint of the submissions via ghostwriters (unattributed authors) with obvious conflicts of interests, topics often addressed at HC Renewal.

Here's an example I verified, the submission to the government from Dayton Children's Hospital:

"Informational Comments for Organizations Using EPIC (remove before submitting to ONC)" - click to enlarge.  At least here they say they are "in total agreement" with EPIC's concerns and recommendations. 

Another example - University of Miami:

A danger of dealing with incompetents:  they neglect to tidy up for you - click to enlarge.  (Corollary question: note the line "Our [Epic's - ed.] comments stem from the fact the we believe ..."  So - what opinions belong to the 'public commenting organization', and which to the company?  Likely the whole thing belongs to the latter's ghostwriters, but can anyone really tell?  That's the problem with tainted submissions.)

Others is the links above I checked such as Martin and Methodist have the same boilerplate about the "chart search feature."  Some retain the "reminder" to remove; in others it has been erased.  However, the boilerplate remains.

I actually find the "advice" from EPIC in the latter document stunning regarding a "chart search feature" (e.g., search note text, and probably also ad hoc clinical searches such as 'find my patients whose blood sugars have been > 100 in the past month').  These are "features" critical to quality care that should have been present decades ago ** [see note below].  Emphasis mine:

... Focus certification on the minimum floor set of capabilities required to complete meaningful use objectives.

Is this a tacit admission "certification" is a sham?  Is this in patients' best interests?

and

Informational Comments for Organizations Using Epic (remove before submitting to ONC)
We’ve heard your requests for a chart search feature, and our desire to see this certification criterion removed does not mean we don’t want to develop such a feature. In a future version of Epic, we want to develop the best possible chart search feature based on your input. However, if this criterion stays in the Final Rule, we worry we’ll have to divert attention from future chart search features you’ve requested to focus on a simplified, less valuable version of the feature to meet certification.

In my opinion, this translates to: "we are already overextended, so help us stymie the experts' and government's efforts to make it a criteria for certification, and to hell with your doctors and nurses who need a search feature right now."

Can you imagine in 2012 a word processor, database or operating system without a search feature?  That's the kind of antediluvian IT the clinicians have to put up with.  And this industry speaks of "innovation?"

It would come as no surprise - to me, at least - if other health IT sellers were engaged in similar activities.

I am unable to judge whether stealth lobbying by sellers using their clients, which enables the sellers to then line their pockets through favorable government legislation based on echoed comments of clients, is legal or ethical.  My belief, however,  is that it is at best a questionable practice.  It is certainly inherently unfair e.g., anti-competitive in regard to smaller health IT companies who might be able to meet more stringent MU2 certification criteria, and unfair to private citizens who have no such captive mouthpieces at their beck and call. 

While perhaps not as bad as possible 'Combination in Restraint of Trade' as in my April 2010 post "Healthcare IT Corporate Ethics 101" (link), this situation should probably be brought to the attention of health IT watchdogs such as Sen. Grassley.

This May 2012 post might also be of interest:  Did EPIC CEO Judy Faulkner of Epic declare that 'healthcare IT usability would be part of certification over her dead body'?  ONC never responded to the questions I raised in the post.

Another question:  why did ONC apparently turn a blind eye towards these "accidental inclusions"? 

Yet another question:  is the MU2 Final Rule invalid due to the influence the industry clearly had on the submitted "public" comments, which can now reasonably be viewed as tainted?

-- SS

Addendum:

I've informed the Senator via his email and staff voicemail lines.  I've also created a short URL to more conveniently access this post:  http://www.tinyurl.com/epic-stealth

Also see the followup Sept. 5, 2012 post "Was EPIC successful in watering down the Meaningful Use Stage 2 Final Rule?" at http://hcrenewal.blogspot.com/2012/09/from-what-i-can-tell-epic-was.html.

-- SS

Note:

** For instance, I had  implemented a robust search feature of clinical notes, all comment fields and the comprehensive clinical, genetic and genealogical dataset in the Yale-Saudi Clinical Genetics EHR - in 1995.

I'm much less confused now!

So I listened to the Paleo Podcaster Roundup on Sean Croxton's Underground Wellness podcast guest hosted by Jimmy Moore.  Here's the intro:

Guest host Jimmy Moore of the Livin' La Vida Low Carb Blog & Podcast returns to UW Radio for a roundtable with Paleo experts including Stefani Ruper, Dean Dwyer, Dr. Colin Champ, and Abel James. The gang discusses the importance of the Paleo and Real Food blogosphere, critiques of the low-carb diet, and important steps you can take to find the diet that is right for YOU.

Yeah, Sean's on vacation, so perhaps Jimmy wrote this up, but for starters, how in heck did this gang become experts in paleo all of a sudden?  But ...

Read more »

friday- check
road trip- check
good company- check
holiday on monday- check
SUPER EXCITED- check, check

Ternyata Kecerdasan Kita Ditentukan Saat Tertidur

Ternyata Kecerdasan Kita Ditentukan Saat Tertidur - Manusia normal yang berada di atas bumi pasti melakukan aktifitas ini, meskipun cuma 1 jam tiap hari. Jaman dahulu kala orang tidur

 memakai bantal kayu atau batu atau bahkan tidak memakai bantal. Sekarang aja enak, orang tidur pakai yang 'empuk-empuk.

Kebiasaan tidur dengan bantal kayu atau batu, menyebabkan orang-orang dahulu bisa bangun dengan segar bugar, karena tubuh mereka bisa beristirahat total saat tidur. berbeda dengan mereka yang tidur di atas kasur empuk, tubuh mereka tidak bisa istirahat dengan total, kenapa ya? karena saling menekan dengan alas tidurnya.

Posisi tidur yang benar adalah tubuh miring ke kanan dengan kaki bagian atas di tekuk, dan tangan kiri sebagai bantal. Tidur dengan posisi ini bermanfaat agar mengalirkan darah ke otak dengan sempurna, karena posisi kepala lebih rendah dari jantung. Posisi tidur yang membuat bodoh adalah : terlentang, tengkurap, dan kaki mengangkang. Posisi ini diibaratkan sebagai cara tidurnya binatang, karena aliran darah tidak lancar, perut dan dada tertekan, juga aliran darah ke otak juga terhambat.


Saat tidur yang baik adalah jam 20.00 WIB - 01.00 Pagi. Selanjutnya 01.00-04.00 digunakan untuk belajar, pukul 04.00 - 06.00 untuk olahraga, dan seterusnya...

Saat tidur yang tidak baik adalah pukul 06.30 WIB setelah matahari terbit, pada tengah hari pukul 11.30 - 12.00 WIB dan pukul 17.30 WIB saat matahari tenggelam. Tidur pada saat tersebut akan mengakibatkan seseorang linglung dan separuh kesadarannya hilang, diakibatkan oleh keseimbangan alam yang pada waktu-waktu tersebut harus berada pada kondisi sadar.

Tidur yang baik berada dalam keadaan atau ruang yang gelap, terhindar dari cahaya yang menyengat dan silau. Rangsang cahaya yang terlalu banyak, menyebabkan otak tidak optimal dalam melakukan defragmentasi data-data yang terekam sebelum tidur, hal ini akan berdampak kepada daya ingat pada jangka waktu yang lama.

10 Produk Indonesia Yang Dikira Produk Luar Negeri

You'll Never Walk Alone - Hai sobat, bagaimana kabarnya hari ini? Semoga baik-baik saja. Saya kali iniakan memberikan sebuah informasi mengenai beberapa produk Indonesia yang kita sangka adalah produk asing. Apa sajakah produk-produknya ? Berikut ini rangkumannya.


1. Maspion

Iklan Maspion terkenal dengan ungkapan "Cintailah produk-produk Indonesia". Maspion memang perusahaan lokal yang terkenal

dengan produk elektronik keperluan rumah tangga. Mulai dari setrika, blender, kipas angin, sampai AC pun ada. Perusahaan yang berpusat di Surabaya ini telah menghasilkan produk-produk elektronik sejak tahun 1960-an.

2. Polygon

Di Indonesia, merk yang satu ini sudah tak asing lagi. Mulai dari sepeda biasa, sepeda mini, sampai sepeda gunung juga ada. Semua sepeda itu di buat di Sidoarjo, Jawa timur. Kualitasnya sih, tidak perlu ditanya lagi, bagus-lah pokoknya. Banyak pengguna biasa sampai komunitas per-sepeda-an memakai

produk ini. Harganya juga macam-macam sampai 10 juta-an.

3. Polytron

Mungkin Anda memiliki alat-alat eektronik bermerk Polytron. Ini ternyata produk Indonesia, lho. Pabriknya saja ada di Semarang dan Kudus. Kalau masalah elektronik, perusahaan ini memang jagonya.

Kenapa? Soalnya perusahaan ini sudah berdiri sejak 1970-an.

4. Byon

Perkembangan teknologi yang sangat cepat ternyata tidak membuat negara kita hanya menjadi penonton belaka. Merk Byon turut meramaikan tren komputer dan notebook.

Dengan harga yang terjangkau, bukan berarti Byon ialah produk yang tidak bermutu. Malahan memiliki konsep yang cukup tinggi.

Kehadiran Byon membuktikan, bahwa Indonesia juga bisa membuat produk teknologi yang berkelas.

5. Lea

Walaupun produknya berbau-bau Amerika Serikat, tapi sebenarnya Lea Jeans ini merupakan produk ASLI Indonesia. Modelnya pun tidak kalah dengan merk-merk jeans kelas dunia lainnya yang sedang trend saat ini.

6. Tomkins

Mulai dari sepatu sekolah, sepatu olahraga, sepatu futsal, sampai sepatu bikers pun disediakan sama produk Tomkins. Kita tidak usah bingung dari namanya yang terkesan Luar Negeri. Padahal Tomkins sebenarnya sungguh merupakan produk Indonesia.

7. Bodypack dan Eiger

Kedua produk ini bernaung pada satu induk yang sama. Bedanya, Bodypack sekarang memfokuskan diri pada tas laptop dan

gadget, sedangkan Eiger setia pada produk- produk berbau aktivitas alam bebas. Kualitas Eiger dan Bodypack sich sudah nggak perlu dipertanyakan lagi.

8. J.CO Donuts and Coffee

Tahun 2005 Outlet pertama J.CO donuts and Coffee di Supermall Karawaci di buka. Perlahan, J.CO donuts and Coffeemmengembangkan sayap ke seluruh Indonesia. Bahkan sekarang, J.CO donuts and Coffee sudah memiliki Outlet di luar negeri, Malaysia dan Singapura.

9. California Fried Chicken (CFC)

Restoran ayam satu ini memang dari namanya sudah Amerika sekali kan? CFC memiliki 178 gerai di seluruh Indonesia. Yang terdiri dari 108 Outlet milik perusahaan dan 70 Outlet milik Terwaralaba.

10. Hoka Hoka Bento

Hoka Hoka Bento merupakan restoran Masakan Jepang. Restoran yang dinaungi oleh PT. Eka Bogainti ini pertama kali membuka outletnya di Kebun Kacang, Jakarta.

Mungkin masih banyak produk-produk Indonesia lainnya yang kita sendiri tidak mengetahui, bahwa merk-merknya itu ialah asli produk Indonesia. Namun, minimal 10 merk diatas sudah merepresentasikan paradigma kita sebagai bangsa yang mampu bersaing dengan luar negeri.

Intinya, jangan pernah menganggap remeh dan merasa malu dengan produk dalam negeri kita sendiri. Siapa lagi yang akan bangga dengan produk dalam negeri kalau bukan bangsa itu sendiri?

Terima kasih sudah membaca artikel tentang "10 Produk Indonesia Yang Dikira Produk Luar Negeri". Mohon maaf bila banyak terdapat kesalahan. Semoga bermanfaat.

Konfrontasi Indonesia-Malaysia

Konfrontasi Indonesia-Malaysia atau yang lebih dikenal sebagai Konfrontasi saja adalah sebuah perang mengenai masa depan Malaya, Brunei, Sabah dan Sarawak yang terjadi antara Federasi Malaysia dan Indonesia pada tahun 1962 hingga 1966.

Perang ini berawal dari keinginan Federasi Malaya lebih dikenali sebagai Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1961 untuk menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak kedalam Federasi Malaysia yang tidak sesuai dengan Persetujuan Manila oleh karena itu Keinginan tersebut ditentang oleh Presiden Soekarno yang menganggap pembentukan Federasi Malaysia yang sekarang dikenal sebagai Malaysia sebagai "boneka Inggris" merupakan kolonialisme dan imperialisme dalam bentuk baru serta dukungan terhadap berbagai gangguan keamanan dalam negeri dan pemberontakan di Indonesia.

Pelanggaran perjanjian internasional konsep THE MACAPAGAL PLAN antara lain melalui perjanjian Persetujuan Manila tanggal 31 Juli 1963, tanggal 3 Agustus 1963, tanggal 5 Agustus 1963[3] mengenai dekolonialisasi Wikisource-logo.svg yang harus mengikut sertakan rakyat Sarawak dan Sabah.

Pada 1961, Kalimantan dibagi menjadi empat administrasi. Kalimantan, sebuah provinsi di Indonesia, terletak di selatan Kalimantan. Di utara adalah Kerajaan Brunei dan dua koloni Inggris; Sarawak dan Borneo Utara, kemudian dinamakan Sabah. Sebagai bagian dari penarikannya dari koloninya di Asia Tenggara, Inggris mencoba menggabungkan koloninya di Kalimantan dengan Semenanjung Malaya, Federasi Malaya dengan membentuk Federasi Malaysia.

Rencana ini ditentang oleh Pemerintahan Indonesia; Presiden Soekarno berpendapat bahwa Malaysia hanya sebuah boneka Inggris, dan konsolidasi Malaysia hanya akan menambah kontrol Inggris di kawasan ini, sehingga mengancam kemerdekaan Indonesia. Filipina juga membuat klaim atas Sabah, dengan alasan daerah itu memiliki hubungan sejarah dengan Filipina melalui Kesultanan Sulu.

Di Brunei, Tentara Nasional Kalimantan Utara (TNKU) memberontak pada 8 Desember 1962. Mereka mencoba menangkap Sultan Brunei, ladang minyak dan sandera orang Eropa. Sultan lolos dan meminta pertolongan Inggris. Dia menerima pasukan Inggris dan Gurkha dari Singapura. Pada 16 Desember, Komando Timur Jauh Inggris (British Far Eastern Command) mengklaim bahwa seluruh pusat pemberontakan utama telah diatasi, dan pada 17 April 1963, pemimpin pemberontakan ditangkap dan pemberontakan berakhir.

Filipina dan Indonesia resminya setuju untuk menerima pembentukan Federasi Malaysia apabila mayoritas di daerah yang hendak dilakukan dekolonial memilihnya dalam sebuah referendum yang diorganisasi oleh PBB. Tetapi, pada 16 September, sebelum hasil dari pemilihan dilaporkan. Malaysia melihat pembentukan federasi ini sebagai masalah dalam negeri, tanpa tempat untuk turut campur orang luar, tetapi pemimpin Indonesia melihat hal ini sebagai Persetujuan Manila yang dilanggar dan sebagai bukti kolonialisme dan imperialisme Inggris.
“ Sejak demonstrasi anti-Indonesia di Kuala Lumpur, ketika para demonstran menyerbu gedung KBRI, merobek-robek foto Soekarno, membawa lambang negara Garuda Pancasila ke hadapan Tunku Abdul Rahman—Perdana Menteri Malaysia saat itu—dan memaksanya untuk menginjak Garuda[4], amarah Soekarno terhadap Malaysia pun meledak. ”

Demonstrasi anti-Indonesia di Kuala Lumpur yang berlangsung tanggal 17 September 1963, berlaku ketika para demonstran yang sedang memuncak marah terhadap Presiden Sukarno yang melancarkan konfrontasi terhadap Malaysia[5]an juga kerana serangan pasukan militer tidak resmi Indonesia terhadap Malaysia. Ini berikutan pengumuman Menteri Luar Negeri Indonesia Soebandrio bahwa Indonesia mengambil sikap bermusuhan terhadap Malaysia pada 20 Januari 1963. Selain itu pencerobohan sukarelawan Indonesia (sepertinya pasukan militer tidak resmi) mulai memasuki Sarawak dan Sabah untuk menyebar propaganda dan melaksanakan penyerangan dan sabotase pada 12 April berikutnya.

Soekarno yang murka karena hal itu mengutuk tindakan demonstrasi anti-Indonesian yang menginjak-injak lambang negara Indonesia[6] dan ingin melakukan balas dendam dengan melancarkan gerakan yang terkenal dengan nama Ganyang Malaysia. Soekarno memproklamirkan gerakan Ganyang Malaysia melalui pidato beliau yang amat bersejarah, berikut ini:
“ 

Kalau kita lapar itu biasa
Kalau kita malu itu juga biasa
Namun kalau kita lapar atau malu itu karena Malaysia, kurang ajar!

Kerahkan pasukan ke Kalimantan hajar cecunguk Malayan itu!
Pukul dan sikat jangan sampai tanah dan udara kita diinjak-injak oleh Malaysian keparat itu

Doakan aku, aku kan berangkat ke medan juang sebagai patriot Bangsa, sebagai martir Bangsa dan sebagai peluru Bangsa yang tak mau diinjak-injak harga dirinya.

Serukan serukan keseluruh pelosok negeri bahwa kita akan bersatu untuk melawan kehinaan ini kita akan membalas perlakuan ini dan kita tunjukkan bahwa kita masih memiliki Gigi yang kuat dan kita juga masih memiliki martabat.

Yoo...ayoo... kita... Ganjang...
Ganjang... Malaysia
Ganjang... Malaysia
Bulatkan tekad
Semangat kita badja
Peluru kita banjak
Njawa kita banjak
Bila perlu satoe-satoe!

Soekarno.
”
Perang

Pada 20 Januari 1963, Menteri Luar Negeri Indonesia Soebandrio mengumumkan bahwa Indonesia mengambil sikap bermusuhan terhadap Malaysia. Pada 12 April, sukarelawan Indonesia (sepertinya pasukan militer tidak resmi) mulai memasuki Sarawak dan Sabah untuk menyebar propaganda dan melaksanakan penyerangan dan sabotase. Tanggal 3 Mei 1964 di sebuah rapat raksasa yang digelar di Jakarta, Presiden Sukarno mengumumkan perintah Dwi Komando Rakyat (Dwikora) yang isinya:

Pertinggi ketahanan revolusi Indonesia
Bantu perjuangan revolusioner rakyat Malaya, Singapura, Sarawak dan Sabah, untuk menghancurkan Malaysia

Pada 27 Juli, Sukarno mengumumkan bahwa dia akan meng-"ganyang Malaysia". Pada 16 Agustus, pasukan dari Rejimen Askar Melayu DiRaja berhadapan dengan lima puluh gerilyawan Indonesia.

Meskipun Filipina tidak turut serta dalam perang, mereka memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia.

Federasi Malaysia resmi dibentuk pada 16 September 1963. Brunei menolak bergabung dan Singapura keluar di kemudian hari.

Ketegangan berkembang di kedua belah pihak Selat Malaka. Dua hari kemudian para kerusuhan membakar kedutaan Britania di Jakarta. Beberapa ratus perusuh merebut kedutaan Singapura di Jakarta dan juga rumah diplomat Singapura. Di Malaysia, agen Indonesia ditangkap dan massa menyerang kedutaan Indonesia di Kuala Lumpur.

Di sepanjang perbatasan di Kalimantan, terjadi peperangan perbatasan; pasukan Indonesia dan pasukan tak resminya mencoba menduduki Sarawak dan Sabah, dengan tanpa hasil.
Komando Aksi Sukarelawan.

Pada 1964 pasukan Indonesia mulai menyerang wilayah di Semenanjung Malaya. Di bulan Mei dibentuk Komando Siaga yang bertugas untuk mengkoordinir kegiatan perang terhadap Malaysia (Operasi Dwikora). Komando ini kemudian berubah menjadi Komando Mandala Siaga (Kolaga). Kolaga dipimpin oleh Laksdya Udara Omar Dani sebagai Pangkolaga. Kolaga sendiri terdiri dari tiga Komando, yaitu Komando Tempur Satu (Kopurtu) berkedudukan di Sumatera yang terdiri dari 12 Batalyon TNI-AD, termasuk tiga Batalyon Para dan satu batalyon KKO. Komando ini sasaran operasinya Semenanjung Malaya dan dipimpin oleh Brigjen Kemal Idris sebaga Pangkopur-I. Komando Tempur Dua (Kopurda) berkedudukan di Bengkayang, Kalimantan Barat dan terdiri dari 13 Batalyon yang berasal dari unsur KKO, AURI, dan RPKAD. Komando ini dipimpin Brigjen Soepardjo sebagai Pangkopur-II. Komando ketiga adalah Komando Armada Siaga yang terdiri dari unsur TNI-AL dan juga KKO. Komando ini dilengkapi dengan Brigade Pendarat dan beroperasi di perbatasan Riau dan Kalimantan Timur.

Di bulan Agustus, enam belas agen bersenjata Indonesia ditangkap di Johor. Aktivitas Angkatan Bersenjata Indonesia di perbatasan juga meningkat. Tentera Laut DiRaja Malaysia mengerahkan pasukannya untuk mempertahankan Malaysia. Tentera Malaysia hanya sedikit saja yang diturunkan dan harus bergantung pada pos perbatasan dan pengawasan unit komando. Misi utama mereka adalah untuk mencegah masuknya pasukan Indonesia ke Malaysia. Sebagian besar pihak yang terlibat konflik senjata dengan Indonesia adalah Inggris dan Australia, terutama pasukan khusus mereka yaitu Special Air Service(SAS). Tercatat sekitar 2000 pasukan Indonesia tewas dan 200 pasukan Inggris/Australia (SAS) juga tewas setelah bertempur di belantara kalimantan (Majalah Angkasa Edisi 2006).

Pada 17 Agustus pasukan terjun payung mendarat di pantai barat daya Johor dan mencoba membentuk pasukan gerilya. Pada 2 September 1964 pasukan terjun payung didaratkan di Labis, Johor. Pada 29 Oktober, 52 tentara mendarat di Pontian di perbatasan Johor-Malaka dan membunuh pasukan Resimen Askar Melayu DiRaja dan Selandia Baru dan menumpas juga Pasukan Gerak Umum Kepolisian Kerajaan Malaysia di Batu 20, Muar, Johor.

Ketika PBB menerima Malaysia sebagai anggota tidak tetap. Sukarno menarik Indonesia dari PBB pada tanggal 20 Januari 1965 dan mencoba membentuk Konferensi Kekuatan Baru (Conference of New Emerging Forces, Conefo) sebagai alternatif.

Sebagai tandingan Olimpiade, Soekarno bahkan menyelenggarakan GANEFO (Games of the New Emerging Forces) yang diselenggarakan di Senayan, Jakarta pada 10-22 November 1963. Pesta olahraga ini diikuti oleh 2.250 atlet dari 48 negara di Asia, Afrika, Eropa dan Amerika Selatan, serta diliput sekitar 500 wartawan asing.

Pada Januari 1965, Australia setuju untuk mengirimkan pasukan ke Kalimantan setelah menerima banyak permintaan dari Malaysia. Pasukan Australia menurunkan 3 Resimen Kerajaan Australia dan Resimen Australian Special Air Service. Ada sekitar empat belas ribu pasukan Inggris dan Persemakmuran di Australia pada saat itu. Secara resmi, pasukan Inggris dan Australia tidak dapat mengikuti penyerang melalu perbatasan Indonesia. Tetapi, unit seperti Special Air Service, baik Inggris maupun Australia, masuk secara rahasia (lihat Operasi Claret). Australia mengakui penerobosan ini pada 1996.

Pada pertengahan 1965, Indonesia mulai menggunakan pasukan resminya. Pada 28 Juni, mereka menyeberangi perbatasan masuk ke timur Pulau Sebatik dekat Tawau, Sabah dan berhadapan dengan Resimen Askar Melayu Di Raja dan Kepolisian North Borneo Armed Constabulary.

Pada 1 Juli 1965, militer Indonesia yang berkekuatan kurang lebih 5000 orang melabrak pangkalan Angkatan Laut Malaysia di Semporna. Serangan dan pengepungan terus dilakukan hingga 8 September namun gagal. Peristiwa ini dikenal dengan "Pengepungan 68 Hari" oleh warga Malaysia.
Akhir konfrontasi

Menjelang akhir 1965, Jendral Soeharto memegang kekuasaan di Indonesia setelah berlangsungnya G30S/PKI. Oleh karena konflik domestik ini, keinginan Indonesia untuk meneruskan perang dengan Malaysia menjadi berkurang dan peperangan pun mereda.

Pada 28 Mei 1966 di sebuah konferensi di Bangkok, Kerajaan Malaysia dan pemerintah Indonesia mengumumkan penyelesaian konflik. Kekerasan berakhir bulan Juni, dan perjanjian perdamaian ditandatangani pada 11 Agustus dan diresmikan dua hari kemudian.